La présidence du Conseil des EPF est responsable de la préparation et du suivi des affaires du Conseil des EPF. Elle prend les décisions qui lui sont confiées par le règlement. Avec le soutien de l’état-major, la présidence garantit que le Conseil des EPF est à même d’assurer sa fonction de direction stratégique et de surveillance. Le Conseil des EPF décide de ses affaires selon le principe de la collégialité.

Répartit dans différents secteurs (voir organigramme), l’état-major du Conseil des EPF travaille sous la conduite du directeur administratif, en étroite collaboration avec les institutions du Domaine des EPF ainsi que des autorités fédérales.